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Der Mechanismus der PCR imitiert den natürlichen Prozess der DNA-Verdopplung einer lebenden Zelle, findet jedoch im Reagenzglas (in einem Thermocycler) statt. Der Prozess besteht aus sich wiederholenden Temperaturzyklen:
In einem Zyklus verdoppelt sich die Menge der viralen DNA. Nach 30–40 Zyklen entstehen aus einem Molekül des Virus Milliarden identischer Kopien, die durch die Laseroptik des Geräts problemlos erfasst werden können.
Handelt es sich um ein RNA-Virus (wie Rotaviren oder Coronaviren), geht dem Prozess eine reverse Transkription voraus — die Umschreibung von RNA in DNA (RT-PCR).
Die PCR ist der Goldstandard für die Diagnostik akuter Infektionen. Im Gegensatz zu Antikörpertests weist die PCR nicht die Reaktion des Organismus auf die Erkrankung, sondern den Erreger selbst nach.
Der Nachweis eines Pathogens mittels PCR (positives Ergebnis) ist bei Vorliegen entsprechender Symptome oder einer Virämie ein Beleg für eine aktive Infektion. Die Methode ist in folgenden Fällen unverzichtbar:
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