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La teoría moderna del patogenia sugiere la invaginación (repliegue) de los focos corticales superficiales de la endometriosis en el interior del tejido ovárico. El epitelio que recubre la pared del quiste es histológicamente idéntico a la mucosa uterina: tiene receptores hormonales y menstrúa dentro de la cavidad cerrada. La sangre acumulada no tiene salida, sufre hemólisis y espesamiento. La hemoglobina se transforma en hemosiderina, dando a su contenido el característico aspecto de «chocolate líquido» o alquitrán.
Las endometriomas ejercen un marcado efecto negativo sobre el potencial reproductivo: comprimen mecánicamente el tejido ovárico sano causando isquemia y fibrosis, y el contenido tóxico del quiste (hierro libre, citoquinas) daña los oocitos en los folículos adyacentes (reducción de la reserva ovárica y del nivel de AMH). La ruptura del quiste lleva a la peritonitis química y a un dolor agudo.
El estándar de oro en el tratamiento es la cistectomía laparoscópica (enucleación de la cápsula), que debe realizarse con precisión para preservar el aparato folicular.
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